基因频率的公式是P(AA)= p×p= p2=D；P(Aa)=2p×q=2pq=H； P(aa)= q×q = q 2=R。
基因频率是指在一个种群基因库中，某个基因占全部等位基因数的比率。群体中某一特定基因的频率可以从基因型频率(genotype frequency)来推算。如人们熟悉的人的MN血型，它是由一对共显性等位基因M和N所决定，产生3种基因型M/M、M/N和N/N，而相应的表型是M、MN和N，而且比例是1/4M、1/2MN和1/4N。
这个原理可以推广到一般群体内婚配，如以群体中MN表型(基因型)的具体样本数被所观察到总数相除即可得到(转换)相对频率数。