碱基有8种，分别是鸟嘌呤（G）、腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T，DNA专有）、尿嘧啶（U，RNA专有）、5-胞嘧啶甲基、5-羟甲基胞嘧啶、5-胞嘧啶甲酰、5-胞嘧啶羧基、5-胞嘧啶甲酰，5-胞嘧啶羧基。
碱基结构：
在脱氧核糖核酸和核糖核酸中，起配对作用的部分是含氮碱基。5种碱基都是杂环化合物，氮原子位于环上或取代氨基上，其中一部分（取代氨基，以及嘌呤环的1位氮、嘧啶环的3位氮）直接参与碱基配对。
腺嘌呤和鸟嘌呤属于嘌呤族（缩写作R），它们具有双环结构。胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶属于嘧啶族（Y），它们的环系是一个六元杂环。
碱基通过共价键与核糖或脱氧核糖的1位碳原子相连而形成的化合物叫核苷。核苷再与磷酸结合就形成核苷酸，磷酸基接在五碳糖的5位碳原子上。