元素的种类由质子数决定，因为对于原子而言，质子数等于电子数，在化学变化中起作用的是电子，而电子要转移，数量会变化，但原子核不会变，即质子数不变，所以质子数决定元素的种类。
质子数相同的原子算做同一种元素，但是一种元素可能会有多种同位素，如碳12、碳13等，它们都是碳元素，因为核内都有6个质子，但是中子数分别为6和7，这是2种不同的原子，因此质子数和中子数决定相对原子质量，质子数加中子数约等于相对原子质量。